保姆式教程！手把手教你使用Simplot，绘制高大上的序列相似性图片
Simplot 是Similarity Plotting 简写形式，意即序列相似性作图，是一款非常流行的是一款用来分析基因的重组分析工具。但该软件只支持Windows 系统，且从2003年后软件保持3.5.1版本，一直未做更新。
Simplot主要通过对待分析的序列和参考序列进行相似性作图，通过绘制的点图判断目的序列是否存在重组：（1）当参考序列的点图呈现近似平行线时，说明目的序列与其中某条参考序列的序列高度相似，不存在重组信号；（2）当参考序列的点图呈交叉时，说明可能存在重组信号。如下图所示，11株病毒菌株在整个基因组长度上表现出高度的相似性（相似性一词适用于不同物种之间，当分析对象是同一物种时，改为称序列一致性更为准确）。但单胞病毒毒株在3700、7900和9400nt之间存在显著差异，大部分区域的相似性均低于95%。
下载Simplot,打开Simplot，file——open——SeqPage——
Use first characher to identify groups——Use characherprior to occurrence of Separator to groups,可将1改为2或3或4，5.......这个是为了显示名称的前几位，
更改名称和线条颜色：
下图一些参数设置，依次是上下图例，参数等，show X、show Y网格线
图片刻度线的最大值，最小值
保存导出图片，导出图片对应的参数。
设置输出参数，横向还是纵向，图片上下左右的留白1，normol就是让输出图片中方格少一点。
注意：本图的序列是已公开且随意下载的序列，因此最终图片不是很美观！！！
参考文献：
《Monsavirus in monkey rectal swab and throat swab specimens in China: Proposal for Posaliviridae as a new family in Picornavirales》；
Han Z, Song Y, Xiao J, Zhao X, Lu H, Zhang K, Jia S, Zhou J, Li J, Si F, Sun Q, Zhu S, Wang D, Yan D, Xu W, Fu X, Zhang Y. Monsavirus in monkey rectal swab and throat swab specimens in China: Proposal for Posaliviridae as a new family in Picornavirales. Virus Res. 2021 Oct 2;303:198501. doi: 10.1016/j.virusres.2021.198501. Epub 2021 Jul 9. PMID: 34252491.
版本：SimPlot 3.5.1
- 发表于 2023-01-31 15:30
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- 分类：软件工具
