有根树和无根树newick文件中

有根树和无根树newick文件中

背景1:Newick格式 Newick是最常用的存储进化树的文件格式,如上面这个树,拓朴结构用newick格式可以表示为:

(B,(A,C,E),D);


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括号最外层是根节点,它有三个子节点,B, (A,C,E)和D,而节点(A,C,E)也有三个子节点A,C和E。

加上分支长度,使用 : 来分隔:

(B:6.0,(A:5.0,C:3.0,E:4.0):5.0,D:11.0);

比如A:5.0代表的是A与其父节点的距离是5.0。

内部节点也可以有label,写在相应的括号外面,如下所示:

(B:6.0,(A:5.0,C:3.0,E:4.0)Ancestor1:5.0,D:11.0);

这是最为广泛支持的文件格式,很多进化树可视软件只支持newick格式。

背景2: 如何判断无根树有根树? 假设有下面三种形式的进化树:

[1] (a, b, c); 无根树

[2] (a, b, c):1; 有根树

[3] ((a,b),c); 有根树

如果最外层大括号内只有两个分枝,即为有根树,如[3];

如果最外层大括号内有三个或以上分枝,一般为无根树,如[1];

但是,如果大括号外存在枝长参数,如[2]中的:1,这种情况认为三个分枝以一定的枝长连接到根上,为有根树


  • 发表于 2023-02-09 14:07
  • 阅读 ( 2397 )
  • 分类:基因组学

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