有根树和无根树newick文件中
有根树和无根树newick文件中
背景1：Newick格式 Newick是最常用的存储进化树的文件格式，如上面这个树，拓朴结构用newick格式可以表示为：
(B,(A,C,E),D);
括号最外层是根节点，它有三个子节点，B, (A,C,E)和D，而节点(A,C,E)也有三个子节点A，C和E。
加上分支长度，使用 : 来分隔：
(B:6.0,(A:5.0,C:3.0,E:4.0):5.0,D:11.0);
比如A:5.0代表的是A与其父节点的距离是5.0。
内部节点也可以有label，写在相应的括号外面，如下所示：
(B:6.0,(A:5.0,C:3.0,E:4.0)Ancestor1:5.0,D:11.0);
这是最为广泛支持的文件格式，很多进化树可视软件只支持newick格式。
背景2： 如何判断无根树有根树？ 假设有下面三种形式的进化树：
[1] (a, b, c); 无根树
[2] (a, b, c):1; 有根树
[3] ((a,b),c); 有根树
如果最外层大括号内只有两个分枝，即为有根树，如[3]；
如果最外层大括号内有三个或以上分枝，一般为无根树，如[1]；
但是，如果大括号外存在枝长参数，如[2]中的:1，这种情况认为三个分枝以一定的枝长连接到根上，为有根树
- 发表于 2023-02-09 14:07
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- 分类：基因组学
