对vcf文件排序

对vcf文件排序

部分软件使用vcf时，需要vcf文件是排序过的。可以使用Tassel软件的run_pipeline.pl来排序。

命令如下：

run_pipeline.pl -Xmx20g -Xms1G -SortGenotypeFilePlugin -inputFile snp.vcf -outputFile snp.sort.vcf -fileType VCF


以上命令即可对vcf文件就行排序。


  • 发表于 2023-02-13 14:56
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  • 分类：软件工具

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