TCGAbiolinks 错误 Error in value[[3L]](cond) : GDC server down, try to use this package later
TCGAbiolinks 错误 Error in value[[3L]](cond) : GDC server down, try to use this package later 排查
在采用TCGAbiolinks 下载TCGA数据时，有时候会出现“Error in value[[3L]](cond) : GDC server down, try to use this package later”的错误。
这个错误一般不会出现，除非GDC的网站有问题，检测方法有两种：
1. 在R中运行如下命令：
> GenomicDataCommons::status() Error in curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle) : SSL certificate problem: Invalid certificate chain
从返回的信息看，是由于GDC网站的证书有问题。
2. 直接访问GDC的API站点，查看状态信息
站点地址：https://gdc-api.nci.nih.gov/status/
遇到这样的问题，只能采用GDC的页面和数据下载工具 进行数据下载。
解决方案：
安装最新版本的TCGAbiolinks 即可：
# 先安装devtools包
install.packages("devtools")
devtools::install_github("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")
如果你对TCGA数据挖掘有兴趣的话，可以学习我们的TCGA相关课程。
- 发表于 2018-06-20 09:47
- 阅读 ( 13026 )
- 分类：TCGA
