muscle新版，旧版使用的一些差别
muscle新版，旧版使用的一些差别
muscle新版，旧版使用存在一些差别：
1.旧版:以muscle V3.8.31为例，muscle -in <inputfile> -out <outputfile>
-in 后加输入文件，-out 后接输出文件
-in 后加输入文件，-out 后接输出文件
即：muscle -in in.fa -out out.fa
2.新版以muscle 5.1版为例：muscle -align input.fa -output aln.afa
-align 后接输入文件 -output 后接输出文件
3.如果序列多，可改为： muscle -super5 input.fa -output aln.afa
4.SEED是其隐马尔可夫模型（HMM）的参数，muscle利用的ppp算法是随机量调整其隐马尔可夫模型（HMM）的参数。这些调整称为扰动。
HMM 参数是 0 到 1 范围内的概率。按照惯例，SEED=0表示没有引入扰动，因此 使用默认的 HMM 概率。
5.其他参数：
-NT ： 输入序列使用核苷酸字母表（默认自动检测）。
-amino ：输入序列使用氨基酸字母表（默认自动检测）。
- N : 线程数
通常来说，Muscle的默认参数能满足大多数使用场景，保证了能最快最精准地生成比对结果。但是对于较大的输入序列，为了提高速度，也可能需要调整参数，其他常见的参数详见Muscle的文档。
MUSCLE documentation (drive5.com)
参考文献：Edgar, Robert C. "MUSCLE v5 enables improved estimates of phylogenetic tree confidence by ensemble bootstrapping." BioRxiv (2021).
- 发表于 2023-03-01 18:04
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- 分类：软件工具
