基因组重复序列注释统计结果更新-buildRepeatSummary.pl

基因组重复序列注释统计结果更新-buildRepeatSummary.pl


基因组重复序列统计汇总，可能由于GFF没有排序导致统计的的总重复比例偏低：


attachments-2023-04-XuEs8uJz644b9a264d9af.jpg

attachments-2023-04-l4rs9Gse644b9a51eab52.png

解决办法是，可以先排下序，再统计，排序代码如下：

sort -k1,1 -k4,4n genome.all.repeat.gff >genome.all.repeats.gff
这部分代码已经更新，大家重新下载基因组注释：shell脚本即可；

排序后统计结果：


attachments-2023-04-1lOvnnv8644b9a16b06de.jpg

  • 发表于 2023-04-28 18:12
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  • 分类：基因组学

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