MNP标记设计
MNP标记设计
1. MNP标记概念
MNP 是一组长度小于 300 bp 的基因组片段内的多个分散的 SNP。MNPs标记的开发目的是针对目标物种进行品种鉴别，鉴别力的大小取决于标记的多态性、标记的数量和基因分型的准确性。
2. MNP标记设计方法
使用重测序生成 SNP设计MNP标记。使用125个碱基对（bp）的滑动窗口 以5bp 的步长扫描基因组。多态性窗口的筛选标准为DP指标： DP= t / c ( N ,2)，其中c ( N ,2) 是N 个品种中任意两种的品种组合对数， t是每对品种在窗口内至少有两个分散的 SNP 的数量。之后使用misa[2]软件在全基因组上寻找SSR，去掉含有SSR的窗口。选择DP≥0.2、SNP数量大于3和不包含相邻SNP的窗口。使用primer3将以上窗口设计引物。
- 发表于 2023-05-08 16:22
- 阅读 ( 6864 )
- 分类：软件工具
