一、安装blast

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具，直接输入fasta格式的序列文件就可进行比对。

## 下载Blast
wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz
## 解压
tar -xvzf ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz

二、blastn使用

1.建库

makeblastdb -in genome.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out ./index

-in：构建数据库所用的序列文件。

-dbtype：数据库类型。构建的数据库是核苷酸数据库时，dbtype设置为nucl，数据库是氨基酸数据库时，dbtype设置为prot。

-out：数据库名称。

2.序列比对

构建好数据库就可进行序列比对。blastn是将核苷酸序列比对至核苷酸数据库。

三、blastn结果详解

query_id	refer_id	identity	alignment_length	mismatches	gap_openings	q.start	q.end	s.start	s.end	e-value	bit_score
BA000030.4	CP023202.1	78.25	1209	226	26	15813	17004	7017078	7018266	0	741
BA000030.4	CP016438.1	75.15	4363	967	102	26097	30398	6410499	6414805	0	1943
BA000030.4	CP023692.1	71.89	3163	704	141	26098	29169	4386693	4389761	0	745
BA000030.4	CP033073.1	76.29	3108	642	77	26105	29169	2959523	2956468	0	1568
BA000030.4	CP060828.1	74.8	2936	661	63	26157	29058	5940668	5937778	0	1249
BA000030.4	CP016279.1	76.88	3032	631	63	26168	29170	9144413	9147403	0	1652
BA000030.4	CP034539.1	73.95	2349	521	77	26241	28542	2852251	2849947	0	863
BA000030.4	CP033073.1	84.84	2164	307	16	29270	31427	3675813	3677961	0	2159

总共对应12列结果，每一列的含义如下：

query id：查询序列ID标识;

refer id：参考序列ID标识;

identity (%)：序列比对的一致性百分比;

alignment length：符合比对的比对区域的长度;

mismatches：比对区域的错配数;

gap openings：比对区域的gap数目;

q.start：比对区域在查询序列(query id)上的起始位点;

q.end：比对区域在查询序列(query id)上的终止位点;

s.start：比对区域在参考序列(refer id)上的起始位点;

s.end：比对区域在参考序列(refer id)上的终止位点;

e-value：比对结果的期望值，将比对序列随机打乱重新组合，和数据库进行比对，如果功能越保守，则该值越低；

bit score：比对结果的bit score值;

参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/107894498

           https://blog.csdn.net/hac_kill_you/article/details/125961236