外源插入流程报错运行不了

外源插入流程报错运行不了

使用aimhii跑外源插入时报以下错误:

#python aimhii -r bwa.fa --maxgap  5000 --outfile results.csv --fqtype illumina --threads 10  -t aimhii_output --plot readplot  Zea_mays.dna.toplevel.fa   adapter.fa  506DNA_1.clean.fq.gz  506DNA_2.clean.fq.gz
/share/work/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/Bio/__init__.py:128: BiopythonWarning: You may be importing Biopython from inside the source tree. This is bad practice and might lead to downstream issues. In particular, you might encounter ImportErrors due to missing compiled C extensions. We recommend that you try running your code from outside the source tree. If you are outside the source tree then you have a setup.py file in an unexpected directory: /share/work/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages.
  format(_parent_dir), BiopythonWarning)
--------------------TRIMMING READS--------------------
--------------------JOINING READS--------------------
Traceback (most recent call last):
  File "/share/work/biosoft/python/Python-v2.7.11/bin/aimhii", line 11, in <module>
    sys.exit(main())
  File "/share/work/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/aimhii/__init__.py", line 77, in main
    joined_filenames = run_fastqjoin(trimmed_fastqs,tmpdir)
  File "/share/work/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/aimhii/__init__.py", line 153, in run_fastqjoin
    subprocess.check_output(cmd, preexec_fn=lambda: signal.signal(signal.SIGPIPE, signal.SIG_DFL))
  File "/share/work/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/subprocess.py", line 566, in check_output
    process = Popen(stdout=PIPE, *popenargs, **kwargs)
  File "/share/work/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/subprocess.py", line 710, in __init__
    errread, errwrite)
  File "/share/work/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/subprocess.py", line 1335, in _execute_child
    raise child_exception
OSError: [Errno 2] No such file or directory

原因是 PATH环境变量缺少 ea-utils 软件的路径:/share/work/biosoft/ea-utils/bin,将其加到环境变量即可。

EA-utils是一个用于Illumina测序数据分析的开源软件包。它包含了一系列命令行工具,可以用于质量控制、去除低质量序列、去除接头、序列比 对等一系列数据分析任务。



  • 发表于 2023-06-15 16:53
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  • 分类:软件工具

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