ncbi sra数据批量下载
很多项目的数据是多个分组，还有组建重复，因此如果没有批量下载的手段还是挺麻烦，总不能一个个点吧
一般而言有两种常见方法
1 SRA Run Selector直接获取，这个页面链接如下，https://www.nc...
很多项目的数据是多个分组，还有组建重复，因此如果没有批量下载的手段还是挺麻烦，总不能一个个点吧
一般而言有两种常见方法
1 SRA Run Selector直接获取，这个页面链接如下，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/
操作也简单，直接搜索project ID号，就可以了
然后选择自己想要的直接下载就行
得到的文件直接传给prefetch，类似
prefetch --option-file sra_ids.txt
2，我这边网络不知道咋回事，进刚才那个页面特别慢，因此再分享一个服务器里直接操作的方法，这个需要你服务器里有perl
先下载安装 E-utilities 这个。 网址： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288/
下载安装代码如下
sh -c "$(curl -fsSL https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/entrezdirect/install-edirect.sh)"
echo "export PATH=\$HOME/edirect:\$PATH" >> $HOME/.bash_profile
执行这两行，软件就会安装到你的家目录，随后找个地方（准备放数据的地方）执行这个代码，注意下面的PRJNA872726，改成你自己的，其他可以不要动
esearch -db sra -query "PRJNA872726[bioproject]" | efetch -format runinfo | cut -f 1 -d ',' > sra_ids.txt随后和刚才一下下载就行
prefetch --option-file sra_ids.txt
- 发表于 2023-08-10 14:22
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