运行命令：Rhi_mature.fa 是物种miRNA成熟序列；Rhi_hairpin.fa 是物种miRNA前体序列；
perl otal_reads_collapsed_vs_genome.arf none -d -g 100000 -l 500 -m 11 -v -P -n d
报错：
T...
运行命令：Rhi_mature.fa 是物种miRNA成熟序列；Rhi_hairpin.fa 是物种miRNA前体序列；
perl miRDeep2.pl Total_reads_collapsed.fa GCA_000334115.1_Rhisol_AG1IA_1.0_genomic.fa Total_reads_collapsed_vs_genome.arf none -d -g 100000 -l 500 -m 11 -v -P -n d
报错：
The debug file is called error.output.mrd_04_09_2023_t_17_09_26
查看 error.output.mrd_04_09_2023_t_17_09_26 报错文件：
>
The candidate has been discarded because the structure is inconsistent with Dicer processing:
no mature sequence could be identified
exp
pri_seq
pri_struct #MM
报错看不太懂，应该是跟文件有关系，具体输出报错信息的脚本可查看https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2/blob/master/src/miRDeep2_core_algorithm.pl
所以我尝试运行miRDeep2.pl脚本中的命令行，从后往前依次运行找出问题所在。
最后发现在下面步骤的时候，生成precursors.str文件失败。
RNAfold < mirdeep_runs/run_04_09_2023_t_17_09_26/tmp/precursors.fa --noPS > mirdeep_runs/run_04_09_2023_t_17_09_26/tmp/precursors.str
原因可能是版本更新，参数有改动。将--noPS参数改为-noPS之后就可以正常输出文件了。
