泛基因组可视化
泛基因组可视化
做了泛基因组需要将结果可视化，这里记录一下可视化方法，其实有一个网站已经帮我们总结好了：https://pangenome.github.io/ ，有的是专门的可视化软件，有的是综合软件，不仅可以可视化还可以分析构建泛基因组，下面列出我用过的感觉不错的三个软件：Bandge，odgi，SequenceTube，各自绘图结果展示如下：
Bandage：https://rrwick.github.io/Bandage/， 图形可视化软件，支持输入GFA格式的文件可视化，在基因组组装中用的比较多，但是也可以展示泛基因组的结果；由于本人多用命令行工具，这个就不做过多介绍了。
Bandage：https://rrwick.github.io/Bandage/， 图形可视化软件，支持输入GFA格式的文件可视化，在基因组组装中用的比较多，但是也可以展示泛基因组的结果；由于本人多用命令行工具，这个就不做过多介绍了。
odgi：https://github.com/pangenome/odgi，是一个专门用于可视化泛基因组的工具，是一个命令行的工具。主要做泛基因组不同单倍型的展示，结果也是挺好看的。
SequenceTube：https://github.com/vgteam/sequenceTubeMap，也是一个专门用于可视化泛基因组的工具，为网页版本，也提供一个示例网站：https://vgteam.github.io/sequenceTubeMap/。这个工具绘图最炫酷，还支持read比对结果可视化，方便后续特定基因不同单倍型分析，重点介绍。
使用：
1.odgi：
export TMPDIR=`pwd`/tmp
export PATH=/share/work/biosoft/cactus/latest/bin/:$PATH
#一般我们使用VG构建泛基因组，会有vg文件，可讲vg文件转换成og文件，就可以可视化
odgi paths -i chr1.og -L >chr1.paths.txt
#整条染色体
#odgi viz -i pangenome/pangenome.chroms/chr1.og -o chr1.odgi.png -x 1500
#排序
odgi sort --optimize -i chr1.og -o chr1.sorted.og
#查看vcf 文件找到感兴趣的位点展示：
odgi extract -i chr1.sorted.og -n 518 -c 3 -o subregion518.og -d 10000 # ID 33 (-n 33), -d 距离 ，-c 附近的 node数量 -E
#节点统计
odgi stats -i subregion518.og -S >subregion518.paths.stat.txt
#path IDodgi paths -i subregion518.og -L >subregion518.paths.txt
#转换 GFA odgi view -i subregion518.og -g > subregion518.gfa #for Bandage view
#绘图
odgi viz -i subregion518.og -o subregion518.png -x 5000 #-z strand Black is forward, red is reverse.
#获取FASTA 文件:odgi paths -i subregion518.og -f > subregion518.paths.fasta
2.SequenceTube使用：
这个工具是一个网页工具，默认端口是3000；先把要展示的数据文件链接到他的安装目录中的exampleData中，再启动服务就可以可视化查看感兴趣的位点了：
# 链接文件过去到这个文件夹： cd /share/work/biosoft/sequenceTubeMap/sequenceTubeMap/exampleData/ # 链接文件 主要文件包括， ln -s /work/ara_pangenome/pangenome* .启动服务之后，打开电脑网页，输入运行这个服务的IP地址加端口号：http://192.168.101.5:3000/，即可打开网页，选择相应的文件和区域即可展示：官方的参考文档：https://github.com/vgteam/sequenceTubeMap/blob/master/public/help/help.md，按照下方图片中1-8步骤操作即可使用
#启动服务可视化。记得启动docker时加上端口映射 -p 3000:3000 cd /share/work/biosoft/sequenceTubeMap/sequenceTubeMap npm run serve #启动服务
可视化展示结果：
3.软件的安装
#下载镜像 docker pull omicsclass/pan-genome:v1.0 #启动镜像： docker run --rm -it -v ~/pan-genome/:/work -p 3000:3000 omicsclass/pan-genome:v1.0
- 发表于 2023-09-07 15:18
- 阅读 ( 2823 )
- 分类：基因组学
