EndHiC绘制HIC热图
EndHiC绘制HIC热图
EndHiC软件中matrix2heatmap.py脚本可以绘制HIC热图。
其使用的输入文件为Hic-pro生成的输出文件：AthaHiC_100000_abs.bed 和 AthaHiC_100000.matrix
bed格式如下：
chr1_1 0 100000 1
chr1_1 100000 200000 2
chr1_1 200000 300000 3
chr1_1 300000 400000 4
chr1_1 400000 500000 5
chr1_1 500000 600000 6
chr1_1 600000 700000 7
chr1_1 700000 800000 8
chr1_1 800000 900000 9
chr1_1 900000 1000000 10
matrix文件格式如下：
1 1 3975
1 2 1844
1 3 481
1 4 336
1 5 200
1 6 240
1 7 180
1 8 170
1 9 165
1 10 138
绘图命令：
matrix2heatmap.py AthaHiC_100000_abs.bed AthaHiC_100000.matrix
生成的HIC热图：
- 发表于 2023-09-26 17:25
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- 分类：软件工具
