《叶绿体基因组分析实操》课程更新
叶绿体/质体是植物的重要细胞器，具有独立的基因组。自植物叶绿体基因组被发现以来，被广泛应用于植物系统进化关系研究、物种鉴定、叶绿体基因工程等方面。
同时叶绿体基因组分析作为一个优秀的发文思路，具有诸多优势：
1. 样品要求低：普通植株叶片即可，无需特殊处理；
2. 投入小：测一个样品的重测序仅需几百元；
3. 周期快：没有漫长的样品准备期，重测序作为成熟的测序手段不到1个月即可获得数据。
因此受到广泛关注并成为近年来一大发文热点。组学大讲堂制作的《叶绿体基因组分析实操》课程可以覆盖叶绿体基因组文章绝大部分分析内容。
近期，组学大讲堂对该课程进行了全面升级和更新，点击下方链接或扫描二维码观看
https://apphc8vuqty1843.h5.xiaoeknow.com/p/course/ecourse/course_2JRrf7mm6iAQZyonIYAFi7RBHSn
课程更新详情
叶绿体基因组分析中，高质量的组装和准确的注释是后续所有分析例如比较基因组分析、系统发育分析、分子标记设计等的基础。
但在组装和注释时存在很多难点和易错点，如下所示：
起始密码子错误以及遇到提前终止密码子
内含子边界不准
基因重叠
反向重复区基因不对称
因此我们使用软件组装和注释后得到的叶绿体基因组不一定能直接使用，甚至NCBI下载的叶绿体基因序列及注释文件也不一定完全准确。
所以，要进行叶绿体基因组的组装质量判定及注释矫正。
组装结果要注意的问题
1.是否成环
2.是否完整（有没有gap）
3.方向是否正确（正负链，SSC区方向）
4.起点是否正确
注释结果需要注意的问题
1.基因数目及CDS问题
2.找不到转录起点（起始密码子不是ATG）
3.假基因与基因丢失问题
4.内含子边界不准 / 多个CDS
5.基因重叠问题
6.小外显子基因
7.反式剪切基因（rps12）
8.反向重复区基因对称问题
课程更新内容
叶绿体基因组在生物研究中十分重要，为了确保获得正确组装且高质量注释的叶绿体基因组，我们对课程进行了全面升级和更新，新增或优化了以下内容：
高质量组装技巧：
提供更多方法检测组装质量，以及常见组装问题的解决方式，确保叶绿体基因组组装的高质量。
注释优化：
强调了注释时常见的错误及解决方案，确保注释结果更加准确。
实用案例：
提供实际案例和操作，更好应用所学知识。
- 发表于 2023-10-12 15:42
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- 分类：视频课程
