Unicycler二代、三代混合组装
一、下载、安装Unicycler
地址：https://github.com/rrwick/Unicycler
使用git安装或者源码安装
git clone https://github.com/rrwick/Unicycler.git
cd Unicycler
make
注意：需要自行安装依赖软件：spades、racon、pilon、bowtie2、blast、samtools、java、bcftools
二、Unicycler混合组装
组装命令
unicycler -t 50 \
-1 clean_data/R1_paired.fq -2 clean_data/R2_paired.fq \
-l clean_data/pacbio.fq -o unicyc
其中，-1 和 -2 指定二代测序的双端测序文件，-l （long）指定三代测序文件，-o 为输出目录，-t 指定线程数
组装过程包括以下六部分
1 二代矫错：spades read error correction
2 二代组装：spades assemblies
3 混合组装：assembling contigs and long reads with miniasm
4 比对：aligning reads
5 搭桥：building long read bridges
6 抛光：polishing assembly with pilon
组装结果
参考：https://www.jianshu.com/p/6ac7762a8f3a
- 发表于 2023-10-26 14:31
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- 分类：软件工具
