circos|修改不同染色体之间区块block及连线link的颜色
circos圈图绘制时所有的修改参数都是基于配置文件config.txt。
想要让不同染色体之间区块显示不同颜色。可以修改config.txt中rule参数：
<link> #全基因组共线性
bezier_radius=0r...
circos圈图绘制时所有的修改参数都是基于配置文件config.txt。
想要让不同染色体之间区块显示不同颜色。可以修改config.txt中rule参数：
<link> #全基因组共线性 bezier_radius=0r bezier_radius_purity=0.75 crest=0.5 ribbon=yes file=./genome.blocklink.txt #输入文件 radius=0.98r <rules> <rule> condition = var(intrachr) show = no #通过设置 来关闭染色体内连接的显示。 </rule> <rule> #这条rule将Chr0和Chr7之间的所有连接都设置成蓝色 condition= between(Chr0,Chr7) color= blue flow= continue #这个参数表示rule设置未完成，将继续其他染色体的rule设置 </rule> <rule> #这条rule将Chr0和Chr9之间的所有连接都设置成红色 condition= between(Chr0,Chr9)
color= red flow= continue </rule> <rule> #这条rule将Chr0和Chr8之间的所有连接都设置成黄色 condition= between(Chr0,Chr8)
color=yellow flow= continue </rule> </rules> thickness=1 z=15 </link>
得到的结果如图：
染色体之间连线link的的设置也是如此，修改连线中的rule即可。
关于circos软件中的颜色选择，可以参考该文章：https://www.omicsclass.com/article/830
- 发表于 2023-11-22 11:41
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- 分类：软件工具
