SURVIVOR合并单样品SV出错

在做SV、CNV变异检测时,会使用SURVIVOR将不用样品的vcf文件合并到一起,命令如下: ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge...

在做SV、CNV变异检测时,会使用SURVIVOR将不用样品的vcf文件合并到一起,命令如下:

ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge sample_files 1000 2 1 1 0 30 all_sample_sv.vcf

但如果遇到只有一个样品时会生成空的vcf。这时候可以改成如下命令运行:

ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge sample_files 1000 1 1 1 0 30 all_sample_sv.vcf
1000表示允许合并的SV间的距离最大为1000bp;
2表示仅输出2个工具或样品均鉴定出的SV;
1表示仅输出同类型的SV;
1表示仅输出同方向的SV;
30表示仅考虑长度在30bp以上的SV

将2改为1后,可以正常输出merge后的vcf。

  • 发表于 2023-12-13 13:51
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  • 分类:软件工具

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安生水
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