awk能够同时对两个文件进行读取，除了使用paste，通过“NR==FNR”我们可以对两个文件中的内容逐行合并：
$cat file1
chr 1
chr 2
chr 3
chr 4
chr 5
chr 6
$cat file2
34 69
256 890
135 568
12 39
33 80
18 90
$awk 'FNR==NR{a[FNR] =$0; next} {print a[FNR]"\t"$0}' file1 file2
chr 1 34 69
chr 2 256 890
chr 3 135 568
chr 4 12 39
chr 5 33 80
chr 6 18 90
FNR把每个文件作为一个独立的个体进行行计数，NR则把两个文件看做整体计数，即在FNR中行数被读为：1,2,3,1,2,3...；而NR的计数方法则为1,2,3,4,5,6...
next表示执行下一行。
同样，我们可以通过awk将两个文件中首尾相接的行合并在一起：
$cat file1
chr 1
chr 2
chr 3
chr 4
chr 5
chr 6
$cat file2
1 69
2 890
3 568
3 688
4 39
5 80
6 90
$awk 'FNR==NR{t[$2]=$0; next}{print t[$1]"\t"$2}' file1 file2
chr 1 69
chr 2 890
chr 3 568
chr 3 688
chr 4 39
chr 5 80
chr 6 90
上述操作相当于把file1中的内容存放入一个数组，第二列的内容作为数组下标，再file2中通过数组下标把对应的元素打印出来。
参考：https://www.cnblogs.com/tyjs09/p/14185053.html
