在windows或者R语言安装某些R包时，出现以下报错：
In install.packages(...) :
installation of package ‘muscle’ had non-zero exit status
导致这个状态的原因有：
1.包加载安装过程中编译不能通过，因此执行安装加载通过不了。
2.library中路径有中文字符出现
3.library，没有指定安装成功。
4.缺少包的依赖。
5.依赖包冲突：依赖包版本过低或过高，需要remove或delete
6.R的依赖包的镜像不在国内，需要翻墙获取依赖包
7.使用R语言的人对Rstudio和RGUi没有正确安装，导致无法加载到路径中去
8.安装部分R语言包需要以管理员身份运行软件，使得相关依赖包能够写入到library中
1.windows解决办法
将R及R语言更新到最新版本4.3.3之后，并下载安装了对应的Rtools，问题解决，安装时不再出现此类报错
2. linux解决办法
一般来说，解决这个问题主要有两种方式：
第一就是看报错信息，缺少哪一个包的依赖，就安装哪一个包即可（也可以手动安装）；如果是包之间产生冲突（比方说命名空间冲突），那么就remove掉这个包就可以了
第二个是比较懒的方法，即在安装包的时候，加dependencies=TRUE, INSTALL_opts = c('--no-lock')
#安装1：
BiocManager::install("package",version = "3.10",dependencies=TRUE, INSTALL_opts = c('--no-lock'))
#安装2：
install.packages("package", dependencies=TRUE, INSTALL_opts = c('--no-lock'))
即交代清楚依赖关系，并返回无法锁定目录
或者从本地安装：
install.packages("path/package",repos = NULL, type="source")
当然，还有的情况需要换几个repos才能安装成功
这里推荐一个常用的repos
repos='http://cran.rstudio.com/'
install.packages('packages', repos='http://cran.rstudio.com/')
或者使用pak来自动安装依赖包：
安装pka
install.packages("pak")
#或者开发版
install.packages("pak", repos = "https://r-lib.github.io/p/pak/dev/")
安装包：
# CRAN或Bioconductor
pak::pkg_install("package")
# github
pak::pkg_install("github_path")
## 例如
pak::pkg_install("tomwenseleers/export")
参考：https://www.jianshu.com/p/213361f11ae0
