GenePred格式主要用于基因浏览器中基因预测的track。 如果有可变剪切的情况,那表格的每一行就是一个 transcript 的全部信息。
格式如下:
#gpd AT1G01010.1 Chr1 + 3630 5899 3759 5630 6 3630,3995,4485,4705,5173,5438, 3913,4276,4605,5095,5326,5899
Gene Predictions
table genePred "A gene prediction." ( string name: "Name of gene" //基因名称 string chrom: "Chromosome name" //染色体名称 char[1] strand: "+ or - for strand" //正负链信息 uint txStart: "Transcription start position" //转录起始位点 uint txEnd: "Transcription end position" //转录终止位点 uint cdsStart: "Coding region start" //编码区起始位点 uint cdsEnd: "Coding region end" //编码区终止位点 uint exonCount: "Number of exons" //外显子数量 uint[exonCount] exonStarts: "Exon start positions" //外显子起始位点 uint[exonCount] exonEnds: "Exon end positions" //外显子终止位点 )
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