gtfToGenePred报错
使用gtfToGenePred的命令和报错：
gtfToGenePred -genePredExt Drosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf refFlat.tmp.txtDrosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf (GFF not supported by t...
使用gtfToGenePred的命令和报错：
gtfToGenePred -genePredExt Drosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf refFlat.tmp.txt
Drosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf (GFF not supported by this program)
报错：gtf格式存在问题
查看该文件的格式：
发现第三列没有transcript。
问题原因：
该gtf从gff3转换而来，使用到的软件是cufflinks-2.2.1/gffread，用这个版本的gffread进行转换的时候不会产生第三列没有transcript的行
解决方法：
采用v0.12.7版本的gffread，使用以下命令进行转换的时候，可以保留transcript这个type。
gffread -T Drosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gff3 -o Drosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf
接下来再使用gtfToGenePred就没有出现问题
- 发表于 2024-06-13 11:47
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- 分类：软件工具
