eQTpLot包的安装
eQTpLot 是一个直观且用户友好的 R 包，专为可视化 eQTL 和 GWAS 结果的共定位而开发。eQTpLot 将标准 GWAS 和 eQTL 统计结果以及可选的成对 LD 信息作为输入，以生成一系列图表，可视化给定基因-性状对的 eQTL 和 GWAS 信号之间的共定位、相关性和富集。
eQTpLot 是一个直观且用户友好的 R 包，专为可视化 eQTL 和 GWAS 结果的共定位而开发。eQTpLot 将标准 GWAS 和 eQTL 统计结果以及可选的成对 LD 信息作为输入，以生成一系列图表，可视化给定基因-性状对的 eQTL 和 GWAS 信号之间的共定位、相关性和富集。借助 eQTpLot，研究人员可以轻松生成一系列可自定义的图表，清晰地说明给定基因-性状对的以下情况：
- GWAS 和 eQTL 信号之间的共定位
- GWAS 与 eQTL p 值之间的相关性
- 性状显著变异中 eQTL 的富集
- 所研究基因座的 LD 状态
- eQTL 信号效应方向与共定位 GWAS 峰效应方向之间的关系
需要提前安装一些依赖项：
"biomaRt", "dplyr", "GenomicRanges", "ggnewscale", "ggplot2", "ggplotify", "ggpubr", "gridExtra", "Gviz", "LDheatmap", "patchwork"
eQTplot包可以使用devtools直接从github下载：
devtools::install_github("RitchieLab/eQTpLot")
但是有时候因为网络的原因会失败：
亲测可行的方式，直接从github上下载压缩包，然后手动安装，下载网址：
https://github.com/RitchieLab/eQTpLot/archive/refs/heads/master.zip
R CMD build 包目录的名字 #在含有包目录的文件夹下执行这条指令，会生成一个压缩文件
R CMD INSTALL 压缩文件
进入R，执行指令，查看是否安装成功：
library("eQTpLot ")
可以了。
- 发表于 2024-06-26 16:06
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- 分类：R
