NCBI下载的单细胞数据只有read1和read2如何读入cellranger
NCBI下载的单细胞数据只有read1和read2如何读入cellranger
10x的数据可以使用 cellranger mkfastq 产生，下面的例子是两个样本同一个lane测序拆分后分析；第二个例子是同一个样本两个lane测序，需要合并一起分析；
大家注意文件命名方式，蓝色和红色部分；
cellranger命名规则
[Sample Name]_S1_L00[Lane Number]_[Read Type]_001.fastq.gz
# 其中Read Type
# I1: Sample index read (optional)
# R1: Read 1
# R2: Read 2
NCBI下载的数据，为双端reads，不符合cellranger mkfastq出来的命名规则，后续cellranger count 无法读入，因此我们要按上述命名规则重新命名文件：
重新命名：
ln -s DRR450709_1.fastq.gz DRR450709_S1_L001_R1_001.fastq.gz
ln -s DRR450709_2.fastq.gz DRR450709_S1_L001_R2_001.fastq.gz
cellranger命令：
cellranger count --id=DRR450709 \
--fastqs=./ \
--sample=DRR450709 \
--localcores 20 --create-bam=true \
--transcriptome=/share/ref/Homo_sapiens/refdata-gex-GRCh38-2024-A/
参考：
https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/using/mkfastq
- 发表于 2024-08-22 10:03
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