单细胞转录组如何将UCell CytoTRACE2 infercnv等结果添加到总的rds中
单细胞转录组如何将UCell CytoTRACE2 infercnv等结果添加到总的rds中
选取需要的列，之前有的相同的列信息去除。保留第一列barcode，方便合并；
cut -f 1,27- UCell.metadata.tsv >UCell.metadata1.tsv
cut -f 1,27- infercnv.metadata.tsv >infercnv.metadata1.tsv
cut -f 1,27- CytoTRACE2.metadata.tsv >CytoTRACE2.metadata1.tsv
合并这些信息： -b barcode 指定共同的列名字
Rscript $scripts/merge_tsv_files.r -i infercnv.metadata1.tsv UCell1.metadata1.tsv CytoTRACE2.metadata1.tsv -b barcode -p metadata
添加metadata信息到rds文件中：
Rscript $scripts/addMetadata_to_seurat_obj.r -i GSE160269.rds -m metadata.tsv -p GSE160269.add
- 发表于 2024-08-29 13:40
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- 分类：转录组
