R语言统计相同ID出现的频率并用ggplot2绘制柱状图

统计相同ID出现的频率,并用ggplot绘制柱状图;

这里有一个ID向量,需要统计一下相同的ID出现的频率,并绘制柱状图,数据为一个向量data如下:

attachments-2018-07-FoqVwQc85b3885996c6ed.jpg

需要统计相同的ID出现的频率并绘制柱状图,如下:


attachments-2018-07-eSKUaPV25b3885d9acf9e.jpg

R语言代码,统计向量的频次,其实很简单,用table方法一步就完成,后面就是绘图了:

注意本代码的主题为cowplot主题适合SCI文章发表,并设置了柱状图上加数字;


library(reshape2)
local({r <- getOption("repos")  ;r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" ;options(repos=r)}) 
library(ggplot2)
library(cowplot)
library(RColorBrewer)


pairjoin <- function(x){ 
  ran=x
  ran[length(ran)]=">=11"
  ran=ran[-1]
  ran
}
#统计频率,并把大于11的 归类到一起:
data=table(data)
data[data>10]=11

MassStatN <- with(hist(data, breaks=seq(0, 11, by = 1), plot=FALSE),
                     data.frame(N=counts, Mass=pairjoin(breaks), PCT=counts/sum(counts)))
MassStatN
MassStatN$Mass=factor(MassStatN$Mass,levels = MassStatN$Mass,order=T)
pn=ggplot(data=MassStatN, aes(x=Mass, y=N)) +
  geom_bar(fill="#4DAF4A",alpha = .9, stat="identity",width=0.8) +
  geom_text(aes(x=Mass,y=N+20,label=N))+
  guides(fill=FALSE)+
  theme(legend.key = element_blank(),legend.title = element_blank()
  )+  xlab("Peptide number")+ylab("Protein number") +ggtitle("Peptide number distribution")
pn

  • 发表于 2018-07-01 15:46
  • 阅读 ( 8967 )
  • 分类:R

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