我的数据：

一组差异表达分析结果，包括基因的名称，基因的表达量已经差异分析结果，上下调信息如下，所以我只需要第一列可以做venn图，最后一列做数量统计：

当然我的差异表达分组很多，有很多这样的文件，不同的组合比较，我需要批量的用R读入数据，然后统计分组中差异表达基因的数目，并绘制柱状图；

R语言代码：

library(reshape2)
local({r <- getOption("repos")  ;r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" ;options(repos=r)}) 
library(ggplot2)
library(cowplot)
library(RColorBrewer)
library(Vennerable)

brewer.pal(7,"Set1")
display.brewer.all()
setwd("D:/BaiduNetdiskDownload/report/6.DEG_Analysis/")
getwd()
#########################################################################

#批量读入相同后缀的文本文件，并且只截取第一列和最后一列
files=list.files("./",pattern = "*DEG\\.final.txt",recursive = T)
data=lapply(files,function(fl){d=read.table(fl,header=TRUE,comment.char="",sep = "\t",check.names=FALSE)[,c(1,18)]})

#将数据整理成表格mydata
mydata=sapply(data,function(d){table(d[,2])})
colnames(mydata)<-c("DAF2 vs GDAF2","DAF5 vs GDAF5","DAF11 vs GDAF11","DAF16 vs GDAF16")
mydata=as.data.frame(melt(mydata))
p<-ggplot(mydata,aes(x = factor(Var2,levels = c("DAF2 vs GDAF2","DAF5 vs GDAF5","DAF11 vs GDAF11","DAF16 vs GDAF16"),ordered=T),
                               y = value, 
                               fill=factor(Var1,levels=c("up","down"),ordered = T)))+
  geom_bar(stat = "identity" ,width=0.5,position=position_dodge(width = 0.6))+
  geom_text(aes(label=value),position=position_dodge(width = 0.6),size = 4,vjust = -0.25)+
  scale_fill_manual(values=c( "#E41A1C", "#377EB8", "#4DAF4A"))+
  theme(legend.key = element_blank(),legend.title = element_blank(),
        axis.text.x = element_text(angle=60, vjust=0.5,hjust=0.5)
  )+  xlab("")+ylab("Number of DEGs") 


#输出图片
pdf(file="DEGNum.pdf", height=7, width=7)
print(p)
dev.off()