数据介绍：

来自谷歌翻译：

头颈鳞状细胞癌（HNSCC）从正常组织逐步进展为转移性肿瘤。为了全面描述肿瘤细胞的异质性及其在 HNSCC 进展过程中的相互作用，我们对正常、白斑、HNSCC 和转移性 HNSCC 组织进行了单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 分析。我们鉴定了表达 LGALS7B 的恶性细胞和表达 CXCL8 的成纤维细胞的新克隆，肿瘤组织中这些细胞的丰度与较差的预后结果相关。此外，我们证明白斑和肿瘤组织中的成纤维细胞表达 COL1A1，它与 CD44+ 恶性细胞相互作用，促进 HNSCC 进展。 CD4+FOXP3+调节性T细胞在白斑中扩增并在胶原刺激下表达LAIR2，这可能为肿瘤进展提供有利的微环境。总之，基质和免疫细胞相互作用在 HNSCC 的逐步进展中发挥着关键作用，我们已经确定了 HNSCC 进展过程中可能的治疗干预措施的步骤

数据下载与准备：

数据下载地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE181919

数据预处理代码：

#下载数据​
wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE181919&format=file&file=GSE181919%5FBarcode%5Fmetadata%2Etxt%2Egz" -O GSE181919_Barcode_metadata.txt.gz
wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE181919&format=file&file=GSE181919%5FUMI%5Fcounts%2Etxt%2Egz" -O GSE181919_UMI_counts.txt.gz
#metadata中的barcode ID和表达矩阵的barcode ID有区别，这里矫正一下
zcat GSE181919_Barcode_metadata.txt.gz |sed '2,$s/-/./' |gzip - >GSE181919_Barcode_metadata.txt1.gz

单细胞分析：

#读入数据并质控
 #读入数据并质控
 Rscript $scripts/seurat_sc_qc.r  --count  data/singcell_GSE181919/GSE181919_UMI_counts.txt.gz --project GSE181919 \
   --sep "\t" \
   --nUMI.min 500 \
   --nGene.min 500 \
   --mito.gene.pattern "^MT.*-" \
   --percent_mito 20 \
   --log10GenesPerUMI 0.65 \
   -o 01.qc -p HNSCC_GSE181919  --metadata data/singcell_GSE181919/GSE181919_Barcode_metadata.txt.gz


Rscript $scripts/seurat_sc_cluster.r --rds 01.qc/HNSCC_GSE181919.afterQC.rds \
 -p HNSCC_GSE181919  --resolution 0.5  -d 30 -o 02.cluster --sctransform --integrate.method harmony --batch sample.id \
 --vars.to.regress nUMI  percent_mito --high.variable.genes 2000 --cpu 10

结果展示：

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