蛋白质组是一个细胞、组织或生物体中所表达的全部蛋白质,在基础研究、疾病治疗、分子医学、生物进化等多方面的研究中发挥着重要作用。不同样本中的蛋白质种类复杂,想要筛选出核心蛋白质,需要借助生物信息学的分析方法。
现如今最常用的蛋白质组学技术是通过质谱分析去鉴定蛋白质、分析蛋白质的修饰、定量蛋白质表达水平。质谱分析会得到大量的数据,如何利用软件及算法对质谱下机数据进行充分挖掘,高效、精准分析是研究的关键环节。
为了助力科研工作者深入了解蛋白质组质谱数据分析方法,提升相关分析能力,组学大讲堂制作了《蛋白质组数据分析实操》视频课程,并提供配套代码、软件、分析环境镜像,以及两年售后答疑,赠送练习用云服务器。
通过LC-MS/MS处理生物样本得到质谱数据。我们需要通过软件,例如MaxQuant 对数据进行处理。最终得到样本中的蛋白质结果及其表达量信息;
通过R脚本对蛋白质表达量数据进行差异分析,得到具有显著差异的蛋白质数据集。同时绘制火山图、Venn图、显著差异蛋白质热图;
对通过差异分析获得的显著差异蛋白质数据集,或其它渠道得到的核心蛋白质数据集进行KEGG、GO富集通路分析,得到显著富集的功能通路;
通过STRING网站分析蛋白质之间的互作关系并绘制互做网络关系图;
预测蛋白在细胞中行使功能的位置;
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