数据介绍：拟南芥叶处理DC3000和对照control两个样本：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE213622

数据下载

这里我们下载圆圈2的数据

wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE213nnn/GSE213622/suppl/GSE213622%5Fcoaker%5Fatpst%5Fsinglecell%5Fmetadata.csv.gz
wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE213nnn/GSE213622/suppl/GSE213622%5Fcoaker%5Fatpst%5Fsinglecell%5Fbarcodes.tsv.gz
wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE213nnn/GSE213622/suppl/GSE213622%5Fcoaker%5Fatpst%5Fsinglecell%5Ffeatures.tsv.gz
wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE213nnn/GSE213622/suppl/GSE213622%5Fcoaker%5Fatpst%5Fsinglecell%5Fmatrix.mtx.gz

#链接数据，10X文件名格式方便读入数据
ln -s GSE213622_coaker_atpst_singlecell_barcodes.tsv.gz barcodes.tsv.gz
ln -s GSE213622_coaker_atpst_singlecell_features.tsv.gz features.tsv.gz
ln -s GSE213622_coaker_atpst_singlecell_matrix.mtx.gz matrix.mtx.gz

#细胞注释文件逗号换成tab，方便后续读入数据
zcat GSE213622_coaker_atpst_singlecell_metadata.csv.gz |sed 's/,/\t/g' >meta.txt

数据转入质控：

Rscript $scripts/seurat_sc_qc.r \
  -d ./ \
  -p ara_leaf --project ara_leaf \
  --nUMI.min 500 \
  --gene.column 1 \
  --nGene.min 250 \
  --mito.gene.pattern "^ATM.*" \
  --percent_mito 6 \
  --log10GenesPerUMI 0.8 \
  --metadata meta.txt 

分群聚类：

Rscript $scripts/seurat_sc_cluster.r  --cpu 10  --rds ara_leaf.afterQC.qs  \
 --sctransform  \
 --integrate.method harmony --batch.id Sample_Name   \
 --resolution 0.5 -d 30  \
 -p leaf.harmony.sctransform  -o leaf.harmony 

原文：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.10.07.511353v2.full