不同物种进行转录组分析的时候流程大致相同，但是当我们做的物种有一个庞大的基因组，那么流程中有一些参数需要进行修改：
1. Markdup和SplitNTrim的时候不要生成bai的索引，主要是 Markdup的...
不同物种进行转录组分析的时候流程大致相同，但是当我们做的物种有一个庞大的基因组，那么流程中有一些参数需要进行修改：
1. Markdup和SplitNTrim的时候不要生成bai的索引，主要是 Markdup的时候不要使用参数“-CREATE_INDEX true”，SplitNTrim需要加入参数“ --create-output-bam-index false”
2. SplitNTrim后使用samtools index -c bam文件来生成csi的索引
3. GATK调用HaplotypeCaller的时候加入参数“-OVI False"
参考资料：
科学网—GATK流程不用再分割小麦染色体 part2 - 马省伟的博文 (sciencenet.cn)
