TF的结合序列查找
转录因子的结合序列查找
做完转录组分析完之后，一般会找到一些差异表达的基因，差异表达基因中如果有转录因子的话，可以研究一下转录因子调控哪些基因的表达。
首先需要知道转录因子的结合序列特征，之后基于这个特征去预测靶基因。
1. 转录因子结合序列特征，这个可以采用JASPAR网站中的"Profile Inference" 功能实现。输入转录因子的氨基酸序列即可，如下图所示：
2. 预测的结果会很多，一般选择第一个，如下图所示：
3. 查看位点详细信息，下载结合位点的特性信息， 可以预测转录因子调控哪些基因。
- 发表于 2018-07-06 11:07
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- 分类：转录组
