转录组分析流程 HISTA + StringTie 组合。其Protocol 发表在Nature Protocol 上“Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown”
其中StringTie 在组装转录本的完整度，精度和速度方面都较以往的cufflinks 有很大的提升。
StringTie 使用说明:
stringtie <input.bam ..> [-G <guide_gff>] [-l <label>] [-o <out_gtf>] [-p <cpus>]
[-v] [-a <min_anchor_len>] [-m <min_tlen>] [-j <min_anchor_cov>] [-f <min_iso>]
[-C <coverage_file_name>] [-c <min_bundle_cov>] [-g <bdist>] [-u]
[-e] [-x <seqid,..>] [-A <gene_abund.out>] [-h] {-B | -b <dir_path>}
选项:
--version : 输出软件的版本信息
-G 参考序列的基因注释文件 (GTF/GFF3)
-l 输出转录本的名称前缀 (default: STRG)
-f 最少转录本的比例 (default: 0.1)
-m 组装转录本的最小长度 (default: 200)
-o 组装转录本的GTF注释文件 (default: stdout)
-a 连接位点锚定序列的最小长度 (default: 10)
-j 连接位点的最小覆盖度 (default: 1)
-t 基于覆盖度对预测的转录本进行修正 (default: coverage trimming is enabled)
-c 组装转录本的reads最小覆盖度(default: 2.5)
-v 输出log 信息
-g 比对上的reads 间距大于阀值则新城一个新的转录束 (default: 50)
-C 输出参考转录本中被reads 覆盖到的转录本
-M 转录束允许多比对reads覆盖的最大占比 (default:0.95)
-p 线程（CPU)数 (default: 1)
-A 基因丰都输出文件
-B 在输出的GFT同目录下输出Ballgown table 文件
-b 在 <dir_path> 目录下输出Ballgown table 文件
-e 只对参考转录本进行丰都评估 (requires -G)
-x 不在参考序列区域组装任何的新转录本
-u 多比对校正 (default: correction enabled)
-h 输出软件的帮助信息
转录本合并模式使用说明:
stringtie --merge [Options] { gtf_list | strg1.gtf ...}
选项
-G <guide_gff> 参考转录本的注释信息 (GTF/GFF3)
-o <out_gtf> 合并转录本的GTF输出文件 (default: stdout)
-m <min_len> 合并转录本的最小长度(default: 50)
-c <min_cov> 合并转录本的最低覆盖度(default: 0)
-F <min_fpkm> 合并转录本的最小FPKM值(default: 1.0)
-T <min_tpm> 合并转录本的最小TPM值(default: 1.0)
-f <min_iso> isoform 最小比例(default: 0.01)
-g <gap_len> 转录本见GAP长度小于阀值则合并两转录本 (default: 250)
-i 允许合并转录本中有内含子保留; by default
-l <label> 输出的转录本名称前缀 (default: MSTRG)
