关于Cytoscape利用蛋白质互作网络分析info文件绘制网络图过程中节点String_id转换成GeneID 或者Symbol问题
有学员反映在学习GEO芯片数据挖掘，进行利用差异基因进行蛋白质互作网络分析的过程中，获得的info文件中之涉及了String_id，利用Cytoscape进行绘图的过程中无法知道对应的具体基因ID是什么...
有学员反映在学习GEO芯片数据挖掘，利用差异基因进行蛋白质互作网络分析的过程中，获得的info文件中之涉及了String_id，利用Cytoscape进行绘图的过程中无法知道对应的具体基因ID是什么或者Gene Symbol是什么，这些并不能直观显示。可以通过以下方法进行解决：
1、输入文件为差异表达分析的结果文件，文件中第一列是基因ID，有时会添加第二列Gene Symbol作为补充信息，其他为差异分析的结果文件。
2、基于差异表达文件中的Gene ID与String数据库对应数据比对，可以获得能够比对上的蛋白String_id。此时获得的变量deg_mapped中其实包括了很的信息，包括差异表达文件中的信息，和比对上的String_id信息，可以将该向量的所有信息利用write.table（）保存成文本文件，并进行整理，使其包含GeneID、GeneSymbol 以及String_id（也可包含其他数据），后期作为table导入Cytoscape，方便修改节点label。
3、获得的Info文件，根据cytoscape使用方法导入，开始构建网络图，在进行点线设置的过程中，将整理后的deg_mapped对应的文件，作为Table导入，File——Import——Table——File，设定识别节点为String_id。之后在控制面板，Style下，修改节点Node的label显示，设置显示为输入table的Gene或者Symbol列即可让图片上节点显示的标签发生改变。
（部分细节见下图）
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- 发表于 2018-07-16 10:26
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- 分类：视频课程
