blast比对结果说明

我们作比对时经常用到blast,其比对结果一般都用m8格式(即参数是 -m 8,blast+是 -outfmt 6),但是结果文件中是没有表头的,这里来写一下。

我们作比对时经常用到blast,其比对结果一般都用m8格式(即参数是 -m 8blast+是 -outfmt 6),但是结果文件中是没有表头的,这里来写一下。

GRMZM2G356204_P01       Zm00008a018958_P01      98.23   620     0       1       121     740     31      639     0.0     1176
GRMZM2G356204_P01       Zm00008a000413_P01      99.15   355     3       0       364     718     1       355     0.0      742
GRMZM2G054378_P01       Zm00008a018960_P01      82.47   308     0       2       1       308     1       254     3e-175   508
GRMZM2G054378_P01       Zm00008a000414_P01      69.48   308     39      4       1       308     1       253     7e-137   409
GRMZM2G054378_P01       Zm00008a010407_P01      98.82   169     2       0       498     666     576     744     3e-101   337
GRMZM2G054378_P01       Zm00008a027044_P01      95.27   169     8       0       498     666     576     744     1e-95    321
GRMZM2G054378_P01       Zm00008a036759_P01      97.32   149     4       0       498     646     79      227     3e-93    294
GRMZM2G054378_P02       Zm00008a018960_P01      82.47   308     0       2       1       308     1       254     3e-175   508
GRMZM2G054378_P02       Zm00008a000414_P01      69.48   308     39      4       1       308     1       253     8e-137   409
GRMZM2G054378_P02       Zm00008a010407_P01      98.82   169     2       0       498     666     576     744     3e-101   337
上面是blast的比对结果,一共有12 列,分别代表:

1、Query id:查询序列ID标识
2、Subject id:比对上的目标序列ID标识
3、% identity:序列比对的一致性百分比
4、alignment length:符合比对的比对区域的长度
5、mismatches:比对区域的错配数
6、gap openings:比对区域的gap数目
7、q. start:比对区域在查询序列(Query id)上的起始位点
8、q. end:比对区域在查询序列(Query id)上的终止位点
9、s. start:比对区域在目标序列(Subject id)上的起始位点
10、s. end:比对区域在目标序列(Subject id)上的终止位点
11、e-value:比对结果的期望值
12、bit score:比对结果的bit score值
一般情况我们看第3、11、12两列,e值越小越可靠。




  • 发表于 2018-07-20 11:13
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  • 分类:软件工具

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安生水
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