水稻根际微生物多样性分析
研究方法
1、 样本取材：选取3种不同地点（Davis、Sacramento、 Arbuckle）的稻田土作为研究材料，用以解析土壤变化对根际微生物的影响；
2、 建库测序：基于IlluminaMiSeq测序平台，对16SrRNA的V4-V5区域进行建库测序；
3、 对根系不同部位微生物多样性进行分析，寻找甲烷循环相关物种，并进行物种相关性网络分析。
研究结果
1、 研究者选取模式生物水稻的根际微生物为研究对象，通过对16S多样性分析发现水稻根系共有三种不同的生态位，而不同的生态位又分别拥有不同的细菌和产甲烷细菌。
同时α多样性分析表明微生物多样性从外到内依次减少，根际微生物的组成与土壤更为相似，其次是根表面和根内微生物。
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不同生态位及土壤的根系微生物多样性
A：取样位点；B：α多样性指数组间差异分析；C：PCoA分析；D：门水平上物种丰度
2、 地理位置、土壤源、不同的植物类型以及培养方式都会影响微生物群落的多样性。对于根际微生物组成有两步说的假设：首先，根际微生物的多样性会受到土壤微生物的影响；其次，不同的植物由于其基因型不同，会有选择性的选择根际微生物的组成。
不同的植物对根际微生物组成的影响
A：不同水稻根际微生物的PCoA分析；B：种植不同水稻的α多样性指数组间差异分析
3、 根据OUT在各样本的丰度计算其相关性，发现了11个可能与甲烷循环相关的OUT模块（如下图A，每个圆圈代表1个OUT，不同颜色代表不同的OUT模块，皮尔逊相关性系数大于0.6的OUT则用线相连，线越短相关性越强）。
4、 对模块119的OUT进行分析，发现其中包含很多与甲烷代谢相关的微生物，并对模块119在不同取样位置的OUT丰度进行了分析（如下图B和C）。
甲烷循环相关OUT相关性网络分析
研究结论
利用16S多样性测序分析方法，比较了不同水稻根际微生物的组成及多样性，证明了水稻根际微生物的形成与土壤微生物有密切关系，并且进一步研究了与甲烷循环相关的微生物。
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- 发表于 2018-04-22 09:19
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