Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 融合基因的分析

Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 融合基因的分析

Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq 3)  中融合基因的分析,可以采用Cupcake 中的“fusion_finder.py” 这个脚本来分析。

fusion_finder.py --input  hq_isoforms.fastq --fq -s  hq_isoforms.fastq.sorted.sam  -o lq_isoforms.fasta.fusion --cluster_report_csv cluster_report.csv

参数说明:

hq_isoforms.fastq : 这个文件是在polish的结果中的hq fastq

hq_isoforms.fastq.sorted.sam : 这个是和基因组比对的sam 

lq_isoforms.fasta.fusion: 这个是输出结果

cluster_report.csvZ: 这个是在cluster过程中的报告结果


  • 发表于 2018-08-09 14:55
  • 阅读 ( 4738 )
  • 分类:三代测序

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