GFF与GTF格式转换

GFF与GTF格式转换

我们在做生物分析的时候,经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件。他们有着相似的名字,甚至连内容都极为相似~那么,他们如何转换呢?

GFF主要是用来注释基因组,格式如下

J15     glean   gene    25308430        25309140        .       +       .       ID=Gglean067903; status=novel;
J15     glean   mRNA    25308430        25309140        0.976879        +       .       ID=Gglean067903-TA; Parent=Gglean067903; status=novel;
J15     glean   CDS     25308430        25308501        .       +       0       Parent=Gglean067903-TA;
J15     glean   CDS     25308646        25309140        .       +       0       Parent=Gglean067903-TA;
J15     glean   gene    126763  129003  .       +       .       ID=Gglean075841; status=novel;
J15     glean   mRNA    126763  129003  1       +       .       ID=Gglean075841-TA; Parent=Gglean075841; status=novel;
J15     glean   CDS     126763  126973  .       +       0       Parent=Gglean075841-TA;
J15     glean   CDS     127285  127628  .       +       2       Parent=Gglean075841-TA;
J15     glean   CDS     127719  127854  .       +       0       Parent=Gglean075841-TA;
J15     glean   CDS     128049  128185  .       +       2       Parent=Gglean075841-TA;
而GTF主要是用来对基因进行注释,格式如下
J01     glean   CDS     6976    7317    .       +       0       transcript_id "Gglean025939-TA"; gene_id "Gglean025939";
J01     glean   CDS     7912    8162    .       +       0       transcript_id "Gglean025939-TA"; gene_id "Gglean025939";
J01     glean   CDS     8245    8413    .       +       1       transcript_id "Gglean025939-TA"; gene_id "Gglean025939";
J01     glean   CDS     8479    8790    .       +       0       transcript_id "Gglean025939-TA"; gene_id "Gglean025939";
J01     glean   CDS     9444    9708    .       -       2       transcript_id "Gglean025954-TA"; gene_id "Gglean025954";
J01     glean   CDS     9778    9935    .       -       0       transcript_id "Gglean025954-TA"; gene_id "Gglean025954";
J01     glean   CDS     10012   10216   .       -       2       transcript_id "Gglean025954-TA"; gene_id "Gglean025954";
J01     glean   CDS     10299   10754   .       -       2       transcript_id "Gglean025954-TA"; gene_id "Gglean025954";
J01     glean   CDS     10838   10926   .       -       0       transcript_id "Gglean025954-TA"; gene_id "Gglean025954";
J01     glean   CDS     11015   11082   .       -       1       transcript_id "Gglean025954-TA"; gene_id "Gglean025954";

转换:
Cufflinks里面的工具gffread可以直接实现GFF与GTF的互相转换。
#gff2gtf
gffread my.gff3 -T -o my.gtf
#gtf2gff
gffread merged.gtf -o- > merged.gff3


  • 发表于 2018-08-10 11:53
  • 阅读 ( 9683 )
  • 分类:软件工具

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安生水
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