Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 分析软件Cogent 的安装
Cogent 的安装参考其官方的说明文档，具体的步骤如下：
1. 安装Anaconda， 这个可以参考我们前面安装Iso-seq3的文档
2. 按Cogent 的依赖包
conda install -n anaCogent5.2 biopython
conda install -n anaCogent5.2 -c http://conda.anaconda.org/cgat bx-python
conda install -c http://conda.anaconda.org/timcera pulp
3. 安装Cogent, 目前的版本是v3.5,
cd <your_dir>
git clone https://github.com/Magdoll/Cogent.git
cd Cogent
# 目前最新版本是v3.5
git checkout tags/v3.5
git submodule update --init --recursive
cd Complete-Striped-Smith-Waterman-Library/src
make
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:<your_dir>/Cogent/Complete-Striped-Smith-Waterman-Library/src
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:<your_dir>/Cogent/Complete-Striped-Smith-Waterman-Library/src
cd ../../
python setup.py build
python setup.py install
4. 验证Cogent安装是否成功
run_mash.py --version
如果说执行该条命令，能够输出Cogent的版本信息，那么安装就是成功的
