Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 可变剪切分析软件lr2rmats
Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 可变剪切分析软件lr2rmats
在转录数据进行可变剪切分析中，经常用到一款软件rMATS，这是华人科学家刑毅课题组开发的软件， 最近该软件发表了一个能支持pacbio 数据的版本lr2rmats，结合二代和三代数据，进行可变剪切分析。
1. lr2rmats的安装 ： 安装比较简单，直接git 克隆代码， 设置好PATH的环境变量即可
git clone https://github.com/Xinglab/lr2rmats.git --recursive cd lr2rmats make dependencies make lr2rmats export PATH=$PATH:$PWD/bin # To permanently modify your PATH, you need to add it to your ~/.profile or ~/.bashrc file.
2. 软件运行： 该软件的分析流程采用了snakemake开发，非常的方便，可以运行一下测试数据。其中Snakefile 是分析流程， config.yaml 是数据和流程运行参数的配置文件。
snakemake -p --snakefile ./Snakefile --configfile ./config.yaml
3. 流程分析的结果是一个更新的GTF文件，这个文件可以放到常规的rMATS软件中进行分析
- 发表于 2018-08-24 17:15
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- 分类：转录组
