NCBI上传高通量测序数据到SRA数据库 aspera 支持续传

Aspera command line upload 数据,最只要的支持续传,如果数据量比较大的话建议用命令行的方法上传,不然,网页上传一旦断开,又得重新上传;

当有大量的数据需要上传NCBI的SRA数据库时,网页上传很费劲,而且支持的文件数量有限;一旦链接断开就得重新来:

这里介绍用linux中aspera的命令行来执行上传数据,会更稳定:

linux当中安装与使用:


1.安装,下载地址:https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/62

得到文件如下:

64-bit Linux: aspera-cli-x.x.x.xxx.xxxxxxx-linux-64-release.sh
32-bit Linux: aspera-cli-x.x.x.xxx.xxxxxxx-linux-32-release.sh

Note: 加可执行权限之后,直接运行这个sh就安装好了

$ chmod +x aspera-cli-x.x.x.xxx.xxxxxxx-linux-xx-release.sh
$ ./aspera-cli-x.x.x.xxx.xxxxxxx-linux-xx-release.sh

安装到自己的home目录下面: Aspera CLI in the ~/.aspera/cli directory.


2. 添加环境变量

$ export PATH=~/.aspera/cli/bin:$PATH

3. 添加说明文档,然后就可以使用了:

$ export MANPATH=~/.aspera/cli/share/man:$MANPATH



下面是使用说明:

主要有三个参数:要上传的数据路径; keyfile 在网页下载得到,还有就是上传地址:

attachments-2018-08-xAoxEr5T5b87e12c3dfb4.jpg

准备好这些就可以上传了:


在 windows当中安装与使用:

1.安装

下载对应windows的版本:https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/62

aspera-cli-x.x.x.xxx.xxxxxxx-win-xxxx-32-release.zip 然后解压

然后将解压的路径下的:C:\aspera-cli-3.7.7.608.927cce8-win-v140_xp-32-release\cli\bin  目录添加到windows的环境变量Path当中;具体方法和java添加环境变量相近:https://www.omicsclass.com/article/298

2.使用和linux类似:

注意输入的路径当中不要有中文,否则或报错:

windows当中打开cmd, 输入如下命令。

attachments-2018-08-6edk8Vns5b87e769621a5.jpg
如果断掉了,重新运行这个命令,会自动续传。

最好用有线网络上传,无线网络经常掉线,笔记本电脑建议接上网线后关闭无线网络在上传;


所有数据上传完成之后;最后选择,上传好的目录,提交就可以了:

attachments-2018-08-094tAxJd5b89d054c5088.jpg

NCBI详细上传视频见:《NCBI和GEO数据库上传课程


更多生物信息课程:

1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程基因家族文献思路解读

2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读转录组(无参)结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析

4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘转录组文献解读

5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读OTU网络图绘制cytoscape与网络图绘制课程

6. 生物信息入门到精通必修基础课:linux系统使用perl入门到精通perl语言高级R语言画图

7. 医学相关数据挖掘课程,不用做实验也能发文章:TCGA-差异基因分析GEO芯片数据挖掘 GEO芯片数据不同平台标准化 、GSEA富集分析课程TCGA临床数据生存分析TCGA-转录因子分析TCGA-ceRNA调控网络分析

8.其他,二代测序转录组数据自主分析NCBI数据上传二代测序数据解读

  • 发表于 2018-08-30 20:03
  • 阅读 ( 13963 )
  • 分类:软件工具

0 条评论

请先 登录 后评论
omicsgene
omicsgene

生物信息

698 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 698 文章
  2. 安生水 347 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 82 文章
  6. 红橙子 78 文章
  7. rzx 74 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章