NCBI上传高通量测序数据到SRA数据库 aspera 支持续传
当有大量的数据需要上传NCBI的SRA数据库时，网页上传很费劲，而且支持的文件数量有限；一旦链接断开就得重新来：
这里介绍用linux中aspera的命令行来执行上传数据，会更稳定：
linux当中安装与使用：
1.安装，下载地址：https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/62
得到文件如下：
64-bit Linux: aspera-cli-x.x.x.xxx.xxxxxxx-linux-64-release.sh 32-bit Linux: aspera-cli-x.x.x.xxx.xxxxxxx-linux-32-release.sh
Note: 加可执行权限之后，直接运行这个sh就安装好了
$ chmod +x aspera-cli-x.x.x.xxx.xxxxxxx-linux-xx-release.sh $ ./aspera-cli-x.x.x.xxx.xxxxxxx-linux-xx-release.sh
安装到自己的home目录下面： Aspera CLI in the ~/.aspera/cli directory.
2. 添加环境变量
$ export PATH=~/.aspera/cli/bin:$PATH
3. 添加说明文档，然后就可以使用了：
$ export MANPATH=~/.aspera/cli/share/man:$MANPATH
下面是使用说明：
主要有三个参数：要上传的数据路径； keyfile 在网页下载得到，还有就是上传地址：
准备好这些就可以上传了：
在 windows当中安装与使用：
1.安装
下载对应windows的版本：https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/62
aspera-cli-x.x.x.xxx.xxxxxxx-win-xxxx-32-release.zip 然后解压
然后将解压的路径下的：C:\aspera-cli-3.7.7.608.927cce8-win-v140_xp-32-release\cli\bin 目录添加到windows的环境变量Path当中；具体方法和java添加环境变量相近：https://www.omicsclass.com/article/298
2.使用和linux类似：
注意输入的路径当中不要有中文，否则或报错：
windows当中打开cmd， 输入如下命令。
如果断掉了，重新运行这个命令，会自动续传。
最好用有线网络上传，无线网络经常掉线，笔记本电脑建议接上网线后关闭无线网络在上传；
所有数据上传完成之后；最后选择，上传好的目录，提交就可以了:
NCBI详细上传视频见：《NCBI和GEO数据库上传课程》
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- 发表于 2018-08-30 20:03
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- 分类：软件工具
