在做微生物多样性分析时，经常会接触到分类学树状图。今天分享一款很不错的分类学组成信息可视化软件——GraPhlAn，用它生成的图会更好看哦！

GraPhlAn 安装

首先，是GraPhlAn 的下载安装。

在linux环境下使用如下命令进行下载：

hg clone https://hg@bitbucket.org/nsegata/graphlan

然后将路径添加到bash配置文件中，之后就可以使用了。命令如下：

export PATH=`pwd`/graphlan/:$PATH

GraPhlAn 主程序

GraPhlAn有两个主要的脚本：

• graphlan_annotate.py

• graphlan.py

其中第一个（graphlan_annotate.py）用于将注释文件绑定到输入树。

graphlan_annotate.py --annot annotation_file.txt input_file.txt new_input_file_name.xml

注释文件可以与树输入文件多次绑定哦。

第二个（graphlan.py）用于生成不同格式的输出图像:png、pdf、ps、eps、svg。还可以使用 --dpi（默认值为72）和 --size（默认值为7.0，以英寸表示）来设置图像的分辨率和尺寸。用法如下：

graphlan.py new_input_file_name.xml image_name.png --dpi 150 --size 7
graphlan.py new_input_file_name.xml image_name.svg --dpi 150 --size 7

GraPhlAn运行

输入树文件（guide.txt 部分）的格式如下，各水平之间用 "." 分隔。

Bacillaceae.Anoxybacillus.Aflavithermus
Bacillaceae.Bacillus.Bamyloliquefaciens
Bacillaceae.Bacillus.Banthracis
Bacillaceae.Bacillus.Batrophaeus
Bacillaceae.Bacillus.Bcellulosilyticus
Bacillaceae.Bacillus.Bcereus
Bacillaceae.Bacillus.Bclausii
Bacillaceae.Bacillus.Bcoahuilensis

我们可以使用下面的命令做一张最基础的分类等级树。

graphlan.py guide.txt step_0.png --dpi 300 --size 3.5

例图如下：

之后可以用注释文件对该树进行修饰。注释文件（annot.txt 部分）的格式如下：

clade_separation    0.5
branch_thickness    1.5
branch_bracket_depth        0.8
branch_bracket_width        0.25
clade_marker_size   40
clade_marker_edge_color     #555555
clade_marker_edge_width     1.2
[..]
Bacillus    clade_marker_color      b
Bacillus    clade_marker_size       120
Bacillus    clade_marker_shape      h
[..]

使用下面的命令对输入树文件进行注释，并用输出的guide.xml文件作图。

graphlan_annotate.py --annot annot.txt guide.txt guide.xml
graphlan.py guide.xml step_1.png --dpi 300 --size 3.5

修饰之后的分类等级树为：

图片不好看？因为只是示例图啊，下面才是实例图！

由于修饰文件的属性较多，所以这里就不一一介绍了，具体内容可在官网学习哦，说明很详细，小编做的时候就是按照人家的步骤来学习的。大家也可以根据自己的需要做出更个性化的图，相信肯定会为自己的文章增色不少。

链接送上：https://bitbucket.org/nsegata/graphlan/wiki/Home