samtools tview 可视化查看比对结果
samtools tview 可视化查看比对结果
对于二代测序数据的比对结果bam文件我们可以通过samtools的tview可视化查看特定位置的比对情况：
命令行如下：
samtools tview -p B05:53425172 accepted_hits.bam Bju.genome.fa
DNA重测序比对结果：
结果说明：
“.” 比对到正链;
“，” 表示比对到负链;
“<”或“>” 表示reference skip RNA-seq当中内含子剪切;
"ATCGN" 表示正向mismatch;
"atcgn" 表示反向mismatch;
‘+[0-9]+[ACGTNacgtn]+’ insertion;
‘-[0-9]+[ACGTNacgtn]+’ 表示deletion;
“^”标记reads起始;
“$”标记reads segment结尾;
以下为RNA转录组比对结果展示：
正链：
CATCACTGGTTTAAAGACAAACTTGCATTGTGAGATTCCAAAATAACAACAACAAAAAACAATTTGCATTGAGAACATTTTGAAG .........A....... .....>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> .....>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
负链：
TTTCATTTGCAAGTAATCGATTTAGGTTTTTGATTTTAGGGTTTTTTTTTGTTTTGAACAGTCCAGTCAAAGTACAAATCGAGAG ...KK....KKK..KK.K.K...K........K....K..................KKKK.........K...K........... <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<,,,,,,,,t,,,c,,,,,,,,,,
更多生物信息课程：
1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读
2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读
3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提升你的文章档次，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析
4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读
5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程
6. 生物信息入门到精通必修基础课：linux系统使用、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图
7. 医学相关数据挖掘课程，不用做实验也能发文章：TCGA-差异基因分析、GEO芯片数据挖掘、 GEO芯片数据不同平台标准化 、GSEA富集分析课程、TCGA临床数据生存分析、TCGA-转录因子分析、TCGA-ceRNA调控网络分析
8.其他，二代测序转录组数据自主分析、NCBI数据上传、二代测序数据解读、
- 发表于 2018-09-06 16:59
- 阅读 ( 15524 )
- 分类：软件工具
