在我们的《TCGA-基因差异表达分析》分析课程中我们讲解了3类分子的差异表达分析，分布是：
1. 编码蛋白基因的差异表达分析
2. 长链非编码RNA的差异表达分析
3. miRNA 的差异表达分析
这些分析都是针对每一类分子单独进行的分析，其实这3类分子之间可能存在一定的调控关系，这就是ceRNA调控网络。
所谓的ceRNA（Competing endogenous RNA）就是细胞内源性的竞争miRNA靶位点的一类RNA，这些RNA 包括：编码蛋白的mRNA, 长链非编码RNA，circRNA 等
那么如何预测miRNA 的靶位点呢：
1. miRNA 靶向 编码蛋白的mRNA
这个可以采用在线服务网站miRWalk 进行预测。使用方法也比较简单，适合对少量的miRNA 和基因进行预测，如果要进行批量的预测，可以下载网站上整理好的预测结果，在本地完成预测
2. miRNA 靶向lncRNA 的预测
这个的预测，也可以采用在线的网络服务LncBase 来预测。但是在线服务不适合大量的预测，大量的预测，需要将网站上整理的预测结果，下载到本地进行预测.
有了miRNA 分别靶向编码基因和长链非编码RNA, 将这两类预测结果分别导入Cytoscape中，就可以构建ceRNA网络了。
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