Pacbio三代无参全长转录组(IsoSeq3) 的转录本合并策略
Pacbio三代全长转录组，采用IsoSeq3进行转录本的过滤，合并和校正，得到高质量的转录本，但是这些转录本之间还是存在一定的序列冗余，需要进行一定的序列合并操作。
Pacbio官方目前推荐两种策略，分别是：采用CD-HIT合并 与采用Cogent进行基因预测和序列合并。
现将两种策略的优缺点进行比较：
CD-HIT合并策略的优缺点：
1. 优点：
1.1 合并速度快，而且cd-hit这软件也是比较经典的一款软件，在转录组分析中经常用到
1.2 结果容易理解： 该软件就只是简单的基于序列的相似性，进行转录本的合并，转录本的ID都不会变动。
2. 缺点：
2.1 无法区分那些转录本来自同一个基因。
2.2 无法提供转录本序列质量信息
Cogent合并策略
1 优点：
1.1 提供基因和转录本水平的信息，当然这个所谓的基因水平，也只是Cogent的一种分析策略
1.2 也支持一定的序列质量筛选，比如覆盖度等。
2 缺点
2.1 软件运行时间长，速度比较慢。而且Cogent软件的安装比较麻烦
2.2 结果不容易理解：Cogent会对序列先进行聚类划分，之后对序列进行合并，得到更长的基因区域序列。
目前官方更加主要推荐Cogent软件，但是国内很多的机构还是采用cd-hit进行分析，毕竟cd-hit结果好解释，得到的转录本也多。
