在一些研究中，我们经常会同时研究基因和LncRNA的表达和相互关系。最近简单的分析思路有：
1. 差异分析
基因和lncRNA 分别做差异分析，这样得到的结果会比较多，而且都是相互独立的个体, 我们一般想将两者联系起来。
2. 相关分析
采用共表达网络，比如WGCNA，可以将表达模型类似的基因和lncRNA聚集在一起。
3. ceRNA 网络
基于miRNA的调控作用，可以预测基因和lncRNA作为同一个miRNA的靶标，他们两者直接会存在竞争关系，也存在一定的协同表达关系
4. 基于位置的顺式互作分析
基于基因和lncRNA 在染色体上的位置，如果两者聚类比较接近，可能存在相互作用关系。
5. 基于序列匹配的互作关系
基于基因和lncRNA存在碱基序列的互补配对，可以预测两者间是否存在相互作用
6. lncRNA和蛋白的互作关系
基于lncRNA和蛋白在空间结构上的匹配，可能存在相互作用关系进行预测。
当然，基因和lncRNA相互作用的关系还有很多，但是经过上面提到的6个方面的分析，基本上能够锁定关键的基因和lncRNA
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