1.染色体組多倍化( Whole genome duplication or  polyploidization)：大部分植物都经历过古老的全基因组复制事件or多倍化，它是一种大规模的染色体倍增事件，一次性增加一个物种所有基因的剂量，导致基因组中保留着大量染色体倍增的片段。全基因组复制造成的重复区通常是一大片区域中所有基因的重复，而不是单个基因或几个基因的重复。高等植物，很多都经历过多倍化过程如棉花（AADD），花生（AABB），小麦（AABBDD）等等，那么基因组在多倍化的过程中，就会发生基因的成倍增加：

2.串联复制(Tandem duplication) ：串联复制主要发生在染色体重组区域，串联复制形成的基因家族成员通常紧密排列在同一条染色体上，形成一个序列相似、功能相近的基因簇。According to the descriptions of Holub [1], a chromosomal region within 200 kb containing two or more genes is defined as a tandem duplication event.

3.染色体片段复制(Segmental duplication)：导致复制的基因距离较远，甚至位于不同的染色体。

4.转座子介导转座 复制  ：

5.  反转录转座(retroduplication) ：转座子介导，反转录转座是指件已经转录和剪切的mRNA，再经过逆转录过程形成cDNA，然后随机插入到染色体的某一位置形成新的重复基因的过程。经反转录转座形成的新基因往往由于缺少必要的调控序列，通常都是不能表达的假基因。

最后，注意区分大片段复制导致的基因加倍：

大片段复制的家族基因，及反转录转座也会导致加倍的家族基因位于不同的染色体，那么怎么区分他们呢？

我觉得要严格区分的话，应该用共线性的方法去查找大片段复制的基因，如mcscan去查找：因为大片段复制的基因周围的基因也有相似性，而反转录转座就不同了，周围的其他基因不相似。

所以blast分析与mcscan分析的结果有区别也是正常，下面的基因家族课程中我们有将实际操作方法：

基因家族分析学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读

另外,串联重复基因 tandem和segmental的区别与联系: https://www.omicsclass.com/article/730

[1] Holub EB. The arms race is ancient history in Arabidopsis, the wildflower. Nat Rev Genet. 2001;2(7):516.
[2] Yu J, Wang J, Shi X: The genomes of Oryza sativa: a history of duplications. PLoS Biol. 2005, 3 (2): e38-10.1371/journal.pbio.0030038.
[3] Ramamoorthy R, Jiang SY, Kumar N, Venkatesh PN, Ramachandran S: A comprehensive transcriptional profiling of the WRKY gene family in rice under various abiotic and phytohormone treatments. Plant Cell Physiol. 2008, 49 (6): 865-879. 10.1093/pcp/pcn061.
[4] Evolution of Gene Duplication in Plants Nicholas Panchy, Melissa Lehti-Shiu, Shin-Han Shiu Plant Physiology Aug 2016, 171 (4) 2294-2316; DOI: 10.1104/pp.16.00523