phytozome植物基因组下载网站
Phytozome 作为专门收录植物基因组的网站，在基因组数据的下载、查询、可视化浏览等方面做的也很不错，也是一个不错的基因组数据下载数据库。
今天主要介绍一下该网站基因组如何下载，如何通过blast查询同源基因，以及根据基因相关功能结构域批量下载相关基因的CDS，PEP等序列信息；
基因组下载
该网站需要注册登陆之后才能下载基因组数据：注册也非常简单，这里就不详细说明了：注册完账号登陆就可以：https://phytozome.jgi.doe.gov
登陆之后就可以去下载参考基因组，输入自己物种的拉丁名搜索，之后点击添加到genome selected：
点击物种名称，进入物种介绍页面：
基因组介绍页面，可点击download页面下载：
勾选自己想要的数据，最后到购物车中下载即可：
查找相似功能或结构域的基因序列，并批量下载：
以拟南芥基因组为例，查找Nucleotide binding site,NBS结构域相关的基因，并批量下载其CDS等序列，以便用于做后续分析；如定量，设计引物，同源比对等等；
首先，回到首页，1.点击想要搜索的物种， 2 选择find genes by keywords
得到很多关于NBS相关的基因，共有128个基因如下：
批量下载这些基因的序列：先勾选所有基因，注意有翻页，记得一起勾选上，再add一下：
然后就可以按下面的步骤下载想要的序列了，非常的方便：
当然了，如果想看其中一个感兴趣的基因具体的信息也非常的方便：只要点击GB 可视化方法就可以：
点击B显示的效果：
点击G显示的效果，具体序列直接可以得到：
关于该基因的序列，功能，基因外显子内含子，同源蛋白，表达量等信息应有尽有：
blast 比对查找同源序列
进入首页 ，多勾选几个感兴趣物种，
然后点击 search blast, 输入自己的序列：
搜索结果如下，也可以批量导出，便于后续分析，是不是功能很强大？
更多生物信息课程：https://study.omicsclass.com/index
- 发表于 2018-04-22 14:21
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- 分类：软件工具
