bedtools求交集

bedtools求交集其用法： bedtools intersect [OPTIONS] [-a|-abam]-b BED 输入文件是bed格式，至少三列，分别...

Bedtools是处理基因组信息分析的强大工具集合，其中 intersect 函数可以求区域之间的交集。

其用法：

bedtools intersect [OPTIONS] [-a|-abam]-b BED

输入文件是bed格式，至少三列，分别是染色体，起始位置(0-based, 包括)，终止位置 (1-based，不包括)。第四列一般为区域名字，

案例一：包含着染色体位置的两个文件，分别记为A文件和B文件。分别来自于不同文件的染色体位置的交集是什么？

$ cat A.bed

chr1 10 20

chr1 30 40

$ cat B.bed

chr1 15 25

$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed

chr1 15 20

案例二：包含着染色体位置的两个文件，分别记为A文件和B文件。求A文件中哪些染色体位置是与文件B中的染色体位置有overlap.

$ cat A.bed

chr1 10 20

chr1 30 40

$ cat B.bed

chr1 15 25

$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -wa

chr1 10 20

案例三：包含着染色体位置的两个文件，分别记为A文件和B文件。求对于A文件的染色体位置是否与文件B中的染色体位置有交集。如果有交集，分别输入A文件的染色体位置和B文件的染色体位置；如果没有交集，输出A文件的染色体位置并以'. -1 -1'补齐文件。

$ cat A.bed

chr1 10 20

chr1 30 40

$ cat B.bed

chr1 15 25

$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -loj

chr1 10 20 chr1 15 25

chr1 30 40 . -1 -1

案例四：包含着染色体位置的两个文件，分别记为A文件和B文件。对于A文件中染色体位置，如果和B文件中染色体位置有overlap,则输出在A文件中染色体位置和在B文件中染色体位置，以及overlap的长度.

$ cat A.bed chr1 10 20 chr1 30 40

$ cat B.bed chr1 15 20 chr1 18 25

$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -wo

chr1 10 20 chr1 15 20 5

chr1 10 20 chr1 18 25 2

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