blastall 搜索比对输出结果 m8或者m9格式说明（blast+ m6格式）
blast 结果说明
blastall运行命令如下，m8和m9格式差不多，一个不带表头，一个带表头，使用方法如下：
blastall -i Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa -d HSP20_NCBI_pep.fasta -p blastp -e 1e-10 -b 1 -v 1 -m 8 -o ncbi_hsp20.out
输出结果表格如下：
| Query id | Subject id | % identity | alignment length | mismatches | gap openings | q. start | q. end | s. start | s. end | e-value | bit score |
| AT3G49630.3 | ACE96633.1 | 36.54 | 104 | 65 | 1 | 188 | 290 | 7 | 110 | 5.00E-16 | 66.2 |
| AT3G49630.1 | ACE96633.1 | 36.54 | 104 | 65 | 1 | 192 | 294 | 7 | 110 | 5.00E-16 | 66.2 |
| AT3G49630.2 | ACE96633.1 | 36.54 | 104 | 65 | 1 | 119 | 221 | 7 | 110 | 2.00E-16 | 65.9 |
| AT1G54050.2 | GAV61403.1 | 49.24 | 132 | 53 | 2 | 6 | 137 | 1 | 118 | 2.00E-45 | 140 |
| AT1G54050.1 | GAV61403.1 | 49.24 | 132 | 53 | 2 | 6 | 137 | 1 | 118 | 2.00E-45 | 140 |
| AT1G50960.1 | ACE96633.1 | 38 | 100 | 56 | 2 | 210 | 307 | 16 | 111 | 1.00E-17 | 70.9 |
| AT3G55970.1 | ACE96633.1 | 44.72 | 123 | 62 | 3 | 217 | 334 | 4 | 125 | 7.00E-32 | 110 |
| AT3G55970.2 | ACE96633.1 | 56.25 | 64 | 26 | 2 | 217 | 279 | 4 | 66 | 4.00E-20 | 77 |
| AT1G76440.3 | GAV87897.1 | 50.36 | 137 | 68 | 0 | 5 | 141 | 2 | 138 | 2.00E-46 | 143 |
| AT1G76440.2 | GAV87897.1 | 50.36 | 137 | 68 | 0 | 5 | 141 | 2 | 138 | 2.00E-46 | 143 |
| AT1G76440.1 | GAV87897.1 | 50.36 | 137 | 68 | 0 | 5 | 141 | 2 | 138 | 2.00E-46 | 143 |
| AT4G10250.1 | AAC62802.1 | 100 | 195 | 0 | 0 | 1 | 195 | 1 | 195 | 4.00E-134 | 370 |
| AT5G07480.1 | ACE96633.1 | 37.74 | 106 | 59 | 3 | 204 | 307 | 2 | 102 | 8.00E-18 | 71.6 |
| AT5G07480.2 | ACE96633.1 | 36.19 | 105 | 62 | 2 | 95 | 198 | 2 | 102 | 2.00E-18 | 71.6 |
| AT1G53540.1 | GAV57915.1 | 73.58 | 159 | 39 | 2 | 1 | 157 | 1 | 158 | 1.00E-78 | 226 |
| AT1G52820.1 | ACE96633.1 | 36.9 | 84 | 50 | 2 | 185 | 266 | 17 | 99 | 5.00E-14 | 60.5 |
1、Query id：查询序列ID标识
2、Subject id：比对上的目标序列ID标识
3、% identity：序列比对的一致性百分比
4、alignment length：符合比对的比对区域的长度
5、mismatches：比对区域的错配数
6、gap openings：比对区域的gap数目
7、q. start：比对区域在查询序列(Query id)上的起始位点
8、q. end：比对区域在查询序列(Query id)上的终止位点
9、s. start：比对区域在目标序列(Subject id)上的起始位点
10、s. end：比对区域在目标序列(Subject id)上的终止位点
11、e-value：比对结果的期望值，解释是大概多少次随机比对才能出现一次这个score,Evalue越小，表明这种情况从概率上越不可能发生，那么这个比对的可靠性越高。
12、bit score：比对结果的bit score值
一般情况我们看第3、11、12两列，e值越小越可靠。
blastall 老版本对应的参数是 -m 8
blast+对应的参数是-outfmt 6
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8.其他，二代测序转录组数据自主分析、NCBI数据上传、二代测序数据解读、
- 发表于 2018-10-19 12:06
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- 分类：软件工具
