linux下Circos安装

linux下Circos安装

circos下载地址:http://circos.ca/software/download/circos/

下载后解压:

tar xvfz circos-0.67-pre4.tgz

然后进去circos-0.67-pre4目录下的bin目录

cd  circos-0.67-pre4/bin

检查所需模块:

./circos -modules
ok       1.26 Carp
ok       0.40 Clone
ok       2.63 Config::General
ok       3.40 Cwd
ok      2.145 Data::Dumper
ok       2.55 Digest::MD5
ok       2.84 File::Basename
ok       3.40 File::Spec::Functions
ok     0.2301 File::Temp
不是ok的都是缺少的perl模块,需要手动安装。

安装方法为使用perl CPAN安装这些perl模块。命令:

 perl -MCPAN -e shell

出现下面提示符,即可继续安装。

CPAN[1]>
以安装Clone模块为例,install命令安装,如下:

CPAN[1]>install  Clone

提示安装成功即可安装下一个模块。

 perl -MCPAN -e shell命令失败,出现如下情况:
Can't locate CPAN.pm in @INC (@INC
contains: /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5
/usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5
/usr/share/perl5 .).
 
BEGIN failed--compilation aborted.

则需先安装perl-CPAN,命令如下:

yum install perl-CPAN


注意:

其中GD模块安装前需安装GD作图库,命令为:

yum install gd*


有些模块安装可能会失败,这时候可强制安装:

CPAN[1]>force  install  Clone


所有模块安装完后在检查一遍:

./circos -modules

全部为ok即可。






  • 发表于 2018-10-26 14:15
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  • 分类:linux

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安生水
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